- Obszar Natura 2000, „Czerna” mający znaczenie dla wspólnoty;
- Obszar Natura 2000, „Dolinki Jurajskie” mający znaczenie dla wspólnoty;
- Obszar Natura 2000 „Krzeszowice” mający znaczenie dla wspólnoty, który został przyjęty przez Komisję Europejską decyzją KE z dnia 20 stycznia w 2011 roku.
Łącznie obszary naturowe zajmują 738,70 ha co stanowi 5,32% pokrycia powierzchni gminy.
Obszar Natura 2000 „Czerna” utworzono w celu ochrony siedliska nietoperzy, jest to rzadki przypadek kolonii rozrodczej podkowca małego.
Obszar Natura 2000 „Dolinki Jurajskie” utworzono w celu ochrony 10 siedlisk z załącznika I Dyrektywy Siedliskowej. Najcenniejsze są murawy kserotermiczne, płaty buczyny w tym ciepłolubnej buczyny storczykowej, grądy i sporadycznie jaworzyny.
Najmłodszy z obszarów naturowych „Krzeszowice” jest to ostoja nocka orzęsionego, druga pod względem liczebności kolonia rozrodcza.
Powierzchnia obszarów Natura 2000 Czerna i Dolinki Jurajskie częściowo pokrywa się z powierzchnią rezerwatów przyrody oraz parków krajobrazowych. Nadzór nad obszarami Natura 2000 sprawuje Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska w Krakowie.
Obszar Natura 2000 Czerna posiada Plan zadań Ochronnych zatwierdzony Zarządzeniem Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Krakowie z dnia 20 sierpnia 2014r. w sprawie ustalenia planu zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000 Czerna PLH20034 (Dz. U. W.M. z 2 września 2014 r. poz. 4770). W nadchodzących latach przewidziane jest sporządzenie PZO dla obszaru "Dolinki Jurajskie".
Głównym celem wprowadzenia sieci obszarów Natura 2000 jest zatrzymanie utraty różnorodności biologicznej i degradacji funkcjonowania ekosystemów. Wyznaczenie obszaru Natura 2000 nie wyklucza jego użytkowania gospodarczego jednakże, podejmowane działania nie mogą wpłynąć negatywnie na stan zachowania siedliska.
Na terenie lasów komunalnych, na których znajdują się enklawy obszarów Natura 2000 Dolinki Jurajskie (w miejscowości Paczółtowice), przy sporządzaniu uproszczonych planów urządzenia lasów komunalnych zlecono wprowadzenie takiego rodzaju zabiegów gospodarczych (dobór właściwej rębni), które nie wpłyną negatywnie na stan zachowania siedliska.
Posiadanie na swym terenie obszarów objętych formami ochrony przyrody jest wysoko punktowane podczas występowania o środki zewnętrzne, szczególnie dofinansowywanych przez NFOŚiGW, WFOŚiGW lub środki unijne. Potwierdza to fakt, iż uwzględnienie działań polepszających warunki przedmiotów ochrony obszaru Natura 2000 „Krzeszowice” miało dodatkowe znaczenie przy rozpatrywaniu wniosku o dofinansowanie przez NFOŚiGW w ramach realizacji zadania pod nazwą „Przywrócenie walorów przyrodniczych Zabytkowego Zespołu Pałacowego na terenie miasta Krzeszowice”.